ООО «Институт Харьковпроект» берет свое начало с 1943 года – с момента освобождения г. Харькова.

За годы Великой Отечественной войны город потерял множество зданий и сооружений, по прогнозам экспертов для его восстановления требовалось более 50 лет. Однако уже в 1944 году была готова схема нового генерального плана реконструкции Харькова. Именно с этого начал свою историю институт «Харьковпроект».

В те годы он представлял собой проектно-восстановительный трест «Облпроект», который в 1951 году был преобразован в филиал Гипрограда. В его структуру в 1955 году вошел творческий коллектив «Горпроекта» – так назывались архитектурные мастерские при Управлении главного архитектора Харькова. В результате
осуществления успешной разработки генерального плана Харькова, в 1964 году филиал Гипрограда был преобразован в Государственный проектный институт по планированию и застройке города «Харьковпроект».

С этого времени основным направлением деятельности института стали работы по комплексному проектированию города Харькова. Авторству архитекторов Харьковпроекта принадлежит генеральный план восстановления, развития и застройки Харькова послевоенного времени.